La calidad del agua debe lograrse a través de la gestión de nutrientes para alcanzar el nivel trófico planificado utilizando la cadena alimentaria natural.

La amplia base de la pirámide alimenticia está formada por protozoos como bacterias, algas y hongos. Donde el agua natural y la luz se unen, crecen pequeñas algas rápidamente, que extraen los nutrientes del agua y los utilizan para formar biomasa y producir oxígeno.
Esta es la base de muchos otros procesos biológicos de limpieza.

El zooplancton es el siguiente nivel en la cadena alimentaria. Se trata de pequeños crustáceos, principalmente, los que continuamente filtran y comen algas y bacterias del agua. Por ello, son un elemento importante en el "desempeño de la higiene", la eliminación de gérmenes patógenos. La mayoría de patógenos potenciales no surgen en el agua, sino que son bacterias intestinales que traen los usuarios al baño o otros animales vertebrados.
Dado que el agua de un estanque de baño es rica en oxígeno, las bacterias intestinales no pueden multiplicarse y son rápidamente eliminadas por el zooplancton.

Las larvas de mosquito también comen plancton y detritos (materia orgánica en descomposición). Éstas respiran aire en la superficie y, por lo tanto, también pueden prosperar en aguas libres de oxígeno y sobrefertilizadas. Sin embargo, son presa fácil para todos los depredadores que se encuentran en aguas pobres en nutrientes y con una biología establecida, por lo que se los comen inmediatamente. De este modo, los mosquitos no aparecen en estanques de baño y piscinas biologicas bien estabilizados, pero sí podrán multiplicarse rápidamente en pequeños charcos y platillos de jarrones de flores que se encuentren cerca.

A su vez, el zooplancton es devorado por insectos y sus larvas, así como por larvas de tritón y pequeños peces. Los peces pequeños que se multiplican rápidamente sin otros depredadores (por ejemplo, la gambusia invasiva) pueden hacer diezmar el zooplancton hasta el punto de que falle como regulador natural del fitoplancton. Esto conduce a una fuerte proliferación de algas y agua verde, por lo que no se utilizan peces en el estanque de natación o en la piscina natural.

Las plantas subacuáticas compiten naturalmente con las algas y desempeñan un papel destacado en la fijación del fósforo. En condiciones favorables, las plantas dominan e impiden el fuerte crecimiento de algas; en condiciones desfavorables, dominan las algas. Sin embargo, las plantas subacuáticas requieren un cierto nivel de nutrientes en el rango mesotrófico a oligotrófico, razón por la cual se utilizan en estanques de natación de categoría 1-3.

Si la transparencia óptima del agua (piscina natural, categoría 4-5) es el objetivo de planificación, se utilizan filtros biológicos rápidos. El biofilm, una colorida comunidad de microorganismos que asumen el papel de zooplancton y plantas acuáticas, crece en superficies expuestas a fuertes corrientes. La biopelícula filtra las algas y bacterias del agua y fija los nutrientes. Los filtros deben estar equipados con un dispositivo de enjuague para poder recolectar el biofilm y así retirar los nutrientes almacenados del sistema cerrado de la piscina natural.

Las hojas y el polen transportados por el viento, así como los organismos muertos, se hunden hasta el fondo y forman allí un sedimento orgánico. Éste es descompuesto y mineralizado por otras pequeñas criaturas, liberando nuevamente los nutrientes unidos para regresar al ciclo del agua. Al succionar el sedimento, que se utiliza como fertilizante natural en los lechos, se retiran del ciclo grandes cantidades de nutrientes.