Die Wasserqualität muss durch Nährstoffmanagement erreicht werden, um den geplanten Trophiegrad unter Nutzung der natürlichen Nahrungskette zu erreichen.

Die breite Basis der Nahrungspyramide stellen Einzeller wie Bakterien, Algen und Pilzen. Dort wo natürliches Wasser und Licht zusammen kommen, wachsen schnell winzige Algen. Sie entziehen dem Wasser die Nährstoffe und bilden daraus Biomasse und produzieren Sauerstoff, die Basis für viele weitere Reinigungsprozesse.

Das nächste Glied der Nahrungskette stellt das Zooplankton. Es sind hauptsächlich Kleinkrebse, die kontinuierlich die Algen und Bakterien aus dem Wasser filtrieren und fressen. Sie sind somit ein wichtiges Element bei der “Hygieneleistung”, der Eliminierung patogener Keime. Fast alle potentiellen Krankheitserreger entstehen nicht im Wasser sondern sind Darmbakterien, die durch die Nutzer oder Wirbeltiere eingetragen werden. Im sauerstoffreichen Wasser eines Schwimmteiches können sich die Darmbakterien nicht vermehren und werden durch das Zooplankton schnell eliminiert.

Auch Stechmückenlarven fressen Plankton und Detritus (zerfallenden organischen Substanzen). Sie atmen Luft an der Oberfläche und können somit auch in Sauerstoff-freien und überdüngten Gewässern hervorragend gedeihen. Sie sind aber eine leichte Beute für alle Prädatoren und werden in nährstoffarmen Gewässern mit etablierter Biologie sofort weg gefressen. Sie treten somit in eingefahrenen Schwimmteichen und Naturpools nicht in Erscheinung. Aber sie können sich schnell in kleinen Pfützen und Untertellern von Blumenvasen nebenan vermehren.

Das Zooplankton wird wiederum von Insekten und deren Larven sowie Molchlarven und kleinen Fischen gefressen. Kleine, sich schnell vermehrende Fische ohne weiteren Fressfeind ( z.B. invasive Gambusien ) können das Zooplankton derart stark dezimieren, dass dieses als natürliche Regulativ des Phytoplanktons ausfällt. Das führt zur straken Vermehrung der Algen und grünes Wasser. Deshalb werden keine Fische in Schwimmteich oder Naturpool eingesetzt.

Unterwasserpflanzen stehen in natürlicher Konkurrenz mit den Algen und spielen bei der Phosphorfixierung eine herausragende Rolle. Bei günstigen Bedingungen dominieren die Pflanzen und verhindern starkes Algenwachstum, bei ungünstigen Bedingungen dominieren die Algen. Die Unterwasserpflanzen benötigen aber ein gewisses Nährstoffniveau im mesotrophen bis oligotrophen Bereich, weshalb sie in den Schwimmteichen der Kategorien 1-3 eingesetzt werden.

Wenn optimale Wasser-Transparenz ( Naturpool, Kategorie 4-5 ) das Planungsziel ist, werden biologische Schnellfilter eingesetzt. Auf stark angeströmten Oberflächen wächst Biofilm, eine bunte Lebensgemeinschaft von Mikroorganismen, die die Aufgabe von Zooplankton und Wasserpflanzen übernehmen. Biofilm filtert Algen und Bakterien aus dem Wasser und fixieren die Nährstoffe. Die Filter müssen über eine Spülvorrichtung ausgestattet sein, um den Biofilm ernten zu können und somit die gespeicherten Nährstoffe aus dem geschlossenen System des Naturpools zu entfernen.

Blätter und Pollen, die vom Wind eingetragen werden, sowie abgestorbene Organismen sinken zu Boden und bilden dort ein organisches Sediment. Dieses wird von anderen Kleinlebewesen zersetzt und mineralisiert, wobei die gebundenen Nährstoffe wieder frei werden und zurück in den Wasserkreislauf geraten. Durch Absaugung des Sedimentes, das als natürlicher Dünger in den Beeten verwendet wird, werden dem Kreislauf grosse Nährstoffmengen entzogen.