La qualità dell'acqua deve essere raggiunta attraverso la gestione dei nutrienti al fine di raggiungere il livello trofico pianificato utilizzando la catena alimentare naturale.

L'ampia base della piramide alimentare è costituita da protozoi come batteri, alghe e funghi. Dove l'acqua naturale e la luce si uniscono, le piccole alghe crescono rapidamente. Estraggono i nutrienti dall'acqua e li utilizzano per formare biomassa e produrre ossigeno, base per molti altri processi di pulizia

Lo zooplancton è il prossimo anello della catena alimentare. Sono principalmente piccoli crostacei che filtrano e mangiano continuamente le alghe e i batteri dall'acqua. Sono quindi un elemento importante nella "prestazione igienica", l'eliminazione dei germi patogeni. Quasi tutti i potenziali agenti patogeni non si formano nell'acqua ma sono batteri intestinali introdotti dagli utenti o dai vertebrati.
Nell'acqua ricca di ossigeno di uno stagno balneabile, i batteri intestinali non possono moltiplicarsi e vengono rapidamente eliminati dallo zooplancton.

Le larve di zanzara mangiano anche plancton e detriti (materia organica in decomposizione).
Respirano aria in superficie e possono quindi prosperare anche in acque prive di ossigeno e eccessivamente fertilizzate. Tuttavia, sono facili prede per tutti i predatori e vengono immediatamente mangiati in acque povere di nutrienti con una biologia consolidata. Pertanto non compaiono negli stagni balneabili e nelle piscine naturali ben usurati.
Ma possono moltiplicarsi rapidamente in piccole pozzanghere e sottovasi di vasi di fiori della porta accanto.

A loro volta, lo zooplancton viene mangiato dagli insetti e dalle loro larve, oltre che da larve di tritone e piccoli pesci. Piccoli pesci che si moltiplicano rapidamente senza altri predatori (ad esempio gambusia invasiva) possono decimare lo zooplancton a tal punto da fallire come regolatore naturale del fitoplancton. Questo porta a una forte proliferazione di alghe e acqua verde. Pertanto, nel laghetto o nella piscina naturale non vengono utilizzati pesci.

Le piante subacquee sono in competizione naturale con le alghe e svolgono un ruolo di primo piano nella fissazione del fosforo. In condizioni favorevoli, le piante dominano e impediscono una forte crescita delle alghe, in condizioni sfavorevoli, le alghe dominano. Tuttavia, le piante subacquee richiedono un certo livello di nutrienti nella gamma da mesotrofica a oligotrofica, motivo per cui sono utilizzate negli stagni balneabili di categoria 1-3.

Se l'obiettivo della pianificazione è una trasparenza ottimale dell'acqua (piscina naturale, categoria 4-5), vengono utilizzati filtri rapidi biologici. Il biofilm, una colorata comunità di microrganismi che assumono il ruolo di zooplancton e piante acquatiche, cresce su superfici esposte a forti correnti. Il biofilm filtra le alghe e i batteri dall'acqua e fissa i nutrienti. I filtri devono essere dotati di un dispositivo di risciacquo per poter raccogliere il biofilm e rimuovere così i nutrienti immagazzinati dal sistema chiuso della piscina naturale.

Foglie e pollini trasportati dal vento, così come organismi morti, affondano sul fondo e vi formano un sedimento organico. Questo viene decomposto e mineralizzato da altre piccole creature, per cui i nutrienti legati vengono nuovamente rilasciati e tornano nel ciclo dell'acqua. Aspirando il sedimento, che viene utilizzato come fertilizzante naturale nei letti, vengono sottratte al ciclograndi quantità di nutrienti.